古来より朝廷よりの御崇敬が極めて厚く、持統天皇5年（691年）には勅使をつかわされて、国家の安泰と五穀豊穣を祈願なされたのをはじめ、歴代朝廷の御崇敬を拝戴しております。
また、諏訪大神は武勇の神、勝負の神として崇められ、古くは神功皇后の三韓出兵の折に諏訪大神の神助ありと伝え、平安初期には桓武天皇の勅命を受けた征夷大将軍 坂上田村麻呂が戦勝の祈願をなされました。

鎌倉時代には源頼朝が源氏再興の守護神として厚く崇敬して社領を寄進し、また大社の重要な祭典である御射山御狩神事（現・御射山社祭）には年々諸国の武将を率いて参列し、霧ヶ峰高原一帯に於いて武芸を競わせました。
中でも隣国甲斐（山梨県）の武将武田信玄は、お諏訪さまを武家の守り神と崇め、社殿の造営や社領等を寄進し、廃絶していた祭祀をも復興させるなど信仰の篤さがうかがえます。各地への戦いにはその都度参詣して武運長久の祈願を込め、諏方南宮法性大明神の旗印を先頭に出陣しておりますし、浄瑠璃や歌舞伎の本朝二十四孝で有名な諏訪法性の兜を奉納しております。

初代家康は天正10年（1582年）に兵変により消失した上社本宮の神門を、慶長13年（1608年）に家臣の大久保石見守長安命じて造営寄進し、国家の安泰を祈願しました。現在は四脚門として重要文化財の指定を受けております。三代家光以下歴代の将軍は上社に1000石、下社に500石、都合1500石の社領を寄進し、崇敬の誠をささげています。